巴氏杀菌和高温杀菌大的区别就是温度，巴氏杀菌是低温消毒法，是利用较低的温度机能杀灭细菌的同时还会使物料中的营养口味不会流失不会变，采用低温一般是60-82°c之间，在规定的时间内对物料进行热处理，达到灭点微生物营养体的目的，是一种既能达到消毒目的又不损害是品质的方法。
高温杀菌一般采用采用135℃以上灭菌数秒。营养成分上，高温杀菌由于温度较高，营养物质破坏也会比巴氏杀菌多，但破坏的主要是维生素等微量营养物质，其他蛋白质、脂肪等无太大差异。巴氏杀菌营养破坏较少，但由于不能灭掉所有有害菌，所以保质期也较短。
下面再着重说一下巴氏杀菌的好处；
巴氏灭菌加热有两种形式，一是电加热，二蒸汽加热。因为巴氏灭菌法是低温杀菌。这里所说的低温只是相对高温高压杀菌机来言。是指低于100摄氏度的杀菌方式、巴氏杀菌机整机采用SUS304不锈钢制作，灭菌温度、速度可根据工艺要求设定。巴氏杀菌机运行平稳，噪音低，不锈钢网带强度高，伸缩性小，不易变形，易保养。
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