杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢，温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的生长温度和耐温、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌。
 

　　杀菌方法：
 

　　当今使用的巴氏杀菌程序种类繁多。“低温长时间”处理是一个间歇过程，如今只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”处理是一个流动过程，通常在板式热交换器进行，如今被广泛应用于饮用牛奶的生产。通过该方法获得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理过程中需要冷藏。“快速巴氏杀菌”主要应用于生产酸奶乳制品。上通过的巴氏高温消毒法主要有两种：
 

　　一种是将牛奶加热到62~65度，保持30分钟。采用这一方法，可杀死牛奶中各种生长型致病毒，灭菌效果可达97.3~99.9%，经消毒后残留的只是部分噬热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
 

　　第二种方法将牛奶加热到75~90度，保温15~16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养损失。