无尘车间的通风可用两种不同的方法：传统气流系统与单向气流系统。在一般所使用的传统气流系统中，送风是由室内不同位置的一个或多个高效过滤器完成的，单向流系统是通过布满整个吊顶或整面墙的高效过滤器送风。
无尘车间高效过滤器在安装更换周期前，无尘车间时应根据建筑面积、空气洁净度等级、净化空调系统安全相关设施的规模及要求，配备一定数量的维护管理人员和测试设备、仪器等，对洁净厂房实行科学管理，达到设计文件对空气洁净度等环境参数的要求，提高产品合格率并保证安全生产。
无尘车间不允许用手撕毁或打开包装袋或包装膜;应严格按照高效过滤器包装箱上标注的方向标准存放空气过滤器;在高效过滤器的搬运过程中，应轻拿、轻放，避免剧烈的振动和碰撞。
无尘车间对于高效过滤器更换安装，安装方向必须正确：用波纹板组合过滤器在竖向安装时，波纹板必须垂直于地面;过滤器在竖向与框架之间的连接，严禁渗漏、变形、破损和漏胶等，安装后必须保证内壁清洁，无浮尘、油污、锈蚀及杂物等。
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