主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。
　　
　　首先，要根据你们公司所生产的产品和产品进口锅对杀菌的要求来选择杀菌锅的类型。其次，在确定了杀菌锅类型后，要了解法规对杀菌锅的一些特殊要求，并告知厂家，使其能在设计制造时一并考虑这些要素（很多时候杀菌锅制造商并不懂这些要求），达到产品杀菌的要求。
　　
　　需注意的几点问题：
　　
　　1、一定要配备水银温度计（注意温度计的量程、刻度及安装位置）
　　
　　2、要配备自动温度记录仪（很多时候厂家为节约成本，都会省略不装）
　　
　　3、如果是水杀，一定要安装水循环系统，并在循环管路上安装流量计，指示稳定的流量
　　
　　4、对杀菌锅的配备管路大小、管路的布局等等都有要求
　　
　　5、此外，对配套的杀菌篮、隔板也都有相关的要求
　　
　　使用：如果是全自动控制的话，使用起来是比较简单的。但是首先要制订一个合理杀菌锅操作规程。而杀菌锅规程的制订需由杀菌来确定，必须建立在良好的热分布基础上来制订。杀菌锅操作规程包括一系列的因素，如；初温、升温时间、恒温时间等。杀菌锅操作规程制订后，只需把这些参数（升温、恒温和冷却时间）输入自动控制系统，杀菌锅几自动控制了。