月饼出炉后的过程是感染各种菌类的高发过程，需要严格控制。不同的月饼生产厂家对于控制月饼霉变的方式不同，但是基本原理相似，主要的控制方法有以下几点。
空气中含霉菌较多，因此需要对其防护，有效的办法是对生产环境进行灭菌处理，可用紫外灯照射、臭氧等方式提前处理生产环境。
冷却后的月饼水分降低到12%~15%时才可包装。一般冷却时间是12~24h。由于水分没有蒸发，就急于包装，使水分捂在包装盒中，也是月饼发生霉变的一个重要原因。
月饼生产厂家要保证充足的烤盘，冷却过程不能更换，减少二次污染。计划生产时购买烤盘的数量要与计划日生产月饼的数量基本相当，才能保证烤盘供应和不用更换。
随着生产条件的改变，近几年来不少月饼生产厂家采用热包装，效果也很好。为什么广式月饼可以热包装。所谓热包装是指月饼出炉后，稍加冷却趁月饼未冷透立即转入包装程序。这样做的好处是，缩短月饼冷却时间，减少污染机会，加快广式月饼回软。但是，对于要求饼皮松酥的苏式月饼、宁式月饼、扬式月饼等，不宜热包装，否则会影响产品口感。