微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸RNA和脱氧核糖核酸DNA，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
　　
　　济南鑫弘微波设备进行巴氏消毒和杀菌具有许多优点：
　　
　　一、采用微波杀菌可在很短的时间内对食品的内部进行杀菌。一般情况下，霉菌、酵母和常见微生物用鑫弘微波设备加热1min，加热到70~80℃就能杀死，达到杀菌的目的，在65~66℃用微波照射2min便可杀死青霉素的孢子。应用微波辐射技术能在较低温度下把微生物杀死，微波处理谷物、食品工艺在60~70℃就能起到杀虫、灭菌的作用。
　　
　　二、灭菌效果好。只要按规定条件操作，每克含菌量数十万的中药材经过微波灭菌后，杂菌可控制在5000个/g以内，霉菌控制在50个/g以内。用微波工艺处理的中药材生产成中药，可*达到国家卫生标准。
　　
　　三、作用温度60~80℃，作用时间数分钟。因此被被加工的食品成品、原料、中药材的内在外观质量及中药材的的色味、药效均不受太大影响。例如，对香料、香料、香精挥发油含量对照测定：微波灭菌干燥损耗20%，蒸汽灭菌干燥损耗80%。
　　
　　四、操作安全方便，可改善劳动条件，减轻劳动长度。
　　
　　五、与钴60灭菌相比，微波灭菌没有污染和污染残留物，操作也很安全，成本降低30多倍。
　　
　　六、微波还可以用来灭菌包装，控制霉菌生长。因为大部分包装物对微波是透明的，可以对包装后的食品进行微波加热灭菌处理。