废水中的残留抗生素和高浓度有机物使传统生物处理法很难达到预期的处理效果，因残留抗生素对微生物的强烈抑制作用使好氧菌中毒，造成好氧处理困难；而厌氧处理高浓度的有机物又难以满足出水达标，还需进一步处理。 
发酵类制药废水污染物浓度高、水量大，废水中所含成份主要为发酵残余物、破乳剂和残留抗生素及其降解物，还有抗生素提取过程中残留的各种有机溶剂和一些无机盐类等。 

废水带有较重的颜色和气昧，悬浮物含量高，易产生泡沫，含有难降解物质和有抑菌作用的抗生素，并且有毒性等。 
化学制药废水可分为高浓度工艺废水、中低浓度生产废水和生活污水等。高浓度工艺废水一般含有较高浓度的无机盐以及其他抑制生物生长的物质。 
中药生产废水主要来自生产车间，主要为生产过程中的原药洗涤水,原药药汁残液、过滤、蒸馏、萃取等单元操作中产生的污水、生产设备洗涤和地板冲洗用水。污染物主要是从药材中煎出的各种成分,主要成分为:糖类、蕙醒、木质素、生物碱、蛋白质、色素及它们的水解产物。 

制药工业废水通常属于较难处理的高浓度有机废水，因制药产品不同，生产工艺不同而差异较大。制药工业废水通常具有组成复杂、有机污染物种类多、COD值和BOD5值高且波动性大、pH值经常变化、带有颜色和气味、悬浮物含量高、易产生泡沫、含有难降解物质和有抑菌作用的抗生素，并且有毒性等特点。