巴氏杀菌器中的核心部件是热交换器，使用热交换器是为专门的热力学运转而设计和制造的，并考虑了加工、清洁和杀菌循环。热交换器用来处理任何与最初设计不同的介质之前，必须检测所有要与介质接触的部件，如垫圈、热交换板和连接件，是否适合于新介质。下面详细介绍一下热交换器的使用。

板式热交换器只有在证实能够处理新介质后才可以投入使用。

用户有责任确保如果将新产品输入到装置内时，不会与残留在装置内的以前处理过的流体发生化学反应或热反应。如果有发生这种反应的可能，那么在泵入新的流体前必须将装置中的流体排净。

工作温度、工作压力或者产品进入的流速必须改变时，应慢慢进行调整并经过较长的时间段。

一般来说，热交换装置进行连续的运转循环。然而，如果由于所需的热处理条件，无法使热交换装置进行连续运转，必须预先了解预防措施，以防粗暴地转换到另一种不同的热加工功能。经常发生压力变化，即使是幅度较小，也可能影响垫圈的使用寿命。

应尽可能避免板式热交换器不断从热状态到全冷状态的极度的温度变化，因为这个过程会加速垫圈的老化。为了减小压力和延长垫圈的使用寿命，可将附加的弹簧连接组件安装到连杆中。不仅工作条件的变化，系统中其它部件的状态发生变化也会损坏热交换装置。开关其它部件可能造成的压力冲击会通过系统一直传递到热交换装置。在这种情况下，对热交换装置的刚度要求应与根据装置最初的功能给出的实际参数相对照。

板式散热器存在热交换板破裂的危险。这个问题可能由于腐蚀性材料沉积在热交换板上，或者在较长的工作期间出现压力变化造成。热交换板破裂的情况下，不同产品可能发生混合。

如果某种产品必须保持清洁，不能被参加热力学过程的其它介质污染，在热交换板破裂的情况下，可以用比其它流体高得多的压力将那种介质泵出，来避免可能发生的污染。