在实际应用中，影响臭氧消毒效果的因素主要包括以下几个方面:
1.臭氧释放。在车间中，如果注入的臭氧总量没有达到预定值，那么该车间的臭氧浓度就达不到要求的标准，消毒效果将不可避免地受到影响。
在计算臭氧发生器的输送量时，必须考虑输送过程和其他空间中臭氧的损耗、其他空间的 占用 、门窗泄露等综合因素，同时，也必须保证所选用的臭氧发生器能够达到设计 的臭氧产量指标。
2 .投入臭氧的均匀度。在要消毒的车间中，必须确保所有部件的臭氧浓度能达到设计标准，否则，在臭氧浓度低的地区，消毒效果会很差。为此，在设计消毒方案时，必须仔细考虑车间结构、臭氧输送方法和臭氧消毒机性能等因素。特别是选用独立式臭氧消毒机时，臭氧消毒机必须具有远距离投送臭 氧的能力，否则距离距离臭氧消毒机较远的地方没有臭氧到达，根本就谈不上消毒。
3、臭氧消毒时间。如果车间臭氧浓度达到要求后消毒时间不够，消毒效果也会受到影响，所以必须保证消毒时间。
4、臭氧消毒机性能。如果臭氧灭菌器的稳定性差，在一定程度上使用时过了一段时间，臭氧产量急剧下降，消毒效果无法保证。同时，生产车间通常是长度长，跨度大，为了确保臭氧到达车间的所有区域，所以臭氧消毒机必须具有较强、较远的输送臭氧气体的能力。
5.其他。环境温度、湿度、设备数量、密封程度、空气清洁度等。在车间里，会影响臭氧的消毒效果。