巴氏灭菌主要是利用病原体不是很耐热的特性，采用热处理的方式，达到杀菌目的。热处理程度视目标产品中对象菌的耐热性而定。在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会被杀死。不同的细菌有不同的生长温度和耐热、耐冷能力。
巴氏杀菌设备在食品深加工中发挥的重要作用
随着科技的进步和人民生活以及消费水平的提高，对各种食品的总体质量要求也越来越高，要求食品不破坏或少破坏营养成分，保持原有的风味，而采用低温杀菌的方式即可保证以上的需求。
巴氏杀菌设备操作维修方便，自分理处程度高，输送速度和杀菌稳定，可根据生产的需要自动调节。适用于啤酒、果汁、软包装蔬菜、低温肉制品、调和奶、休闲食品、罐头类、玻璃瓶装、腌渍菜类、调料包以及果冻等产品进行100℃以下低温(沸水)连续杀菌。
在乳制品生产中，巴氏杀菌是最主要的热处理方式(63℃/30min或72℃/15s)。总β-乳球蛋白变性率和糠氨酸含量是国际奶业普遍用来评估奶和奶制品品质的2个重要指标，与其他灭菌方式比较，巴氏杀菌乳中这2个指标均为。
巴氏杀菌乳在冷藏条件下(≤10℃)货架期一般为10d，其风味、营养价值和其他性质与新鲜原料乳差异很小。
巴氏杀菌设备可有效解决杀菌棘手的问题，也能延长肉的保质期，使产品安全得到保障，同时也给企业减少质量风险，避免造成无法弥补的损失，蒸汽加热巴氏杀菌机集灭菌、冷却除水于一体的连续式自动化设备，操作简单易上手。
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