全自动农药残留快速检测仪有害化合物残留、渔药和兽药残留检测仪器:由于这类残留物较复杂，一般用液相色谱仪进行检测为主，以气象色谱仪、离子色谱(IC)、薄层色谱(TLC)等辅助检测。当需要做多种残留快的速检验，几乎均用 LC–MS–MS。
有害元素及其价态的检测仪器:常用的检测仪器是原子荧光光谱仪(AFS)、原子吸收光谱仪(AAS)、电感耦合等离子光谱仪(ICP)和具有更高灵敏度的 ICP–MS;为鉴定元素的价态，一般采用元素分析仪与各种色谱分离系统联用。
细菌病源性检测仪器:传统的检测仪器是用镜检和菌落计数器等，目前用于细菌、致病菌鉴定的仪器有六种以上。广为应用的仪器包括基因检测仪器、碳源代谢利用率检测仪器、生物芯片技术平台、基于表面等离子谐振(SPR)仪器及基于细菌特征脂肪酸谱的仪器。
微生物毒素检测仪器:目前使用较多的是酶标仪、薄层色谱仪测定仪等，内源毒素类可用液相色谱仪或分光光度计检测;近年来海洋生物毒素的检测广泛运用液相色谱仪以及 CE 和 CE–MS 联用仪检测。
全自动农药残留快速检测仪转基因产品检测仪器:主要方法包括基因转录水平和基因水平的检测，主要使用离心机等制备基因样品的设备，用基因扩增仪(PCR)和酶标仪、电泳系统等进行分离、分析和检测的仪器。
样品前期处理的仪器:食品安全分析、检验是在极复杂的样品中进行检测，只有微量的残留物和污染物，采用传统的样品前期处理仪器会使测量精度大大降低，甚至无法检测出污染物浓度，因此必须采用新技术生产的样品前期处理仪器设备，目前使用较多的如固相萃取仪(SPE)、凝胶渗析萃取仪(GPC)、基质固相分散萃取仪(MSPDE)、固相微萃取仪(SPME)、超临界萃取仪(sFE)等新仪器。
