纯水系统调试前应该仔细检查原水进水阀、冲洗排放阀、浓水排放阀、纯水阀、RO高压泵进出水口等是否开启到位，注意刚刚开始调试的时候进水阀和浓水排放阀达到半开状态后慢慢调节，纯水和废水的流量。一般单级反渗透纯水和废水比例应该在1:2，二级反渗透的话在2：3。注意此时一定要同时观察膜的脱盐率至少要在98%以上。同时以后系统运行中要注意保安过滤器的压力表数值，一旦压力升高0.5kg/cm2以上，就必须更换滤芯。这样对系统具有很强的保护性。
实验室超纯水机反渗透超纯水系统分为手动控制和全自动控制，由于一些客户经费或者观念上面的影响，客户选配了手动控制的超纯水系统。全自动控制的超纯水系统是不需要去手动按钮控制设备的运行的，控制和运行起来很方便。但是手动控制的超纯水系统，也可以理解为半自动控制的系统，它们需要定期的手动维护设备。进水箱部分和纯水箱部分通过浮标来控制设备的原水泵、反渗透增压泵、纯水泵的启停，不过系统电路控制上面也会有控制它们启停的额外按钮，需要手动开启它们，不过运行后就可通过浮标的上浮或者下沉来控制。
实验室超纯水机反渗透超纯水系统可以有效的去除原水中的一些杂质，得到几乎不含任何杂质的超纯水。但是某一些客户对超纯水中的某些离子含量要求比较苛刻，要达到ppb级别。崭新的超纯水系统在前期运行的一段时间内是可以达到要求的，但是随着耗材的不断消耗，制出的超纯水水质会略有下降，但是超纯水中的某些离子含量可能会稍微上升，这时候用离子色谱仪可以真正的检测出。但是因为超纯水的探头是测试综合产水数据的仪表会暂时不检出，只有当离子含量超过一定的聚集量才会有显示水质下降。
