水产养殖废水往往会加剧邻近水域水体富营养化，导致养殖水体及周围水域生态严重失衡及环境急速恶化。养殖废水中高氨氮污染源的来源主要为养殖对象的排泄物和残余的食料等。水产养殖废水中主要的污染物有氨氮、亚硝酸盐、有机污染物、磷及污损生物。与工业、生活污水不同，水产鱼污水属污染物成分简单的低浓度有机污水，BOD一般不超过80mg/L。但水产生物对水质的要求较高，氨氮和硫化氢是育苗水体中zui普遍的有害物质，水体中的氨氮和硫化氢浓度会随着育苗的进行而逐渐升高。氨氮是水产生物的排泄物，也是残饵、粪便以及动植物尸体等含氮有机物分解的终产物。硫化氢则是由于含硫有机物在缺氧条件下，由厌氧细菌分解形成。水质和底质败坏而诱发弧菌等致病菌的大量繁殖，导致疾病发生；更多的是由于生态系统的破坏和放养密度的增加而导致生态失衡的综合因素所致，水生物的抗病力降低，造成更易感染致病菌。
水产养殖废水的处理方法，其中包括物理、化学处理方法和生物膜法、耐盐植物处理法、人工湿地处理法、沉淀-贝类过滤-藻类吸附的综合处理法等。此外，还有专门针对悬浮颗粒物的处理方法。
