生物质锅炉运行中消耗的生物质燃料，当然燃料也要符合一些条件才可以，如果其质量不达标或者规格不符的话，会直接造成生物质锅炉的运行受到不好影响。除了生物质锅炉给料合格之外，它的清洗系统也要设计合理。 作为生物质锅炉的燃料，要掺混均匀，不均匀的话容易出现层状堆积，导致直线螺旋给料机进料时无法掺混均匀，出现单一燃料进入料仓，影响生物质锅炉的正常运转。还有关于生物质锅炉燃料的水分，不能大于设计规定范围，以免造成燃料黏结，堆积密度增加，空隙率减少，在料仓堆积压实，形成堆积墙，产生蓬料，主要是单一螺旋不能运行时比较显眼。另外，燃料内长纤维所占比例以及燃料的颗粒度大小，都会影响着生物质锅炉的运行，要么因燃料黏结产生团状连接，形成料塞，要么因燃料颗粒而增加堆积密度越大，产生蓬料和堵料。生物质锅炉清洗系统的设计也有很多讲究，比如说临时管道内不得有砂石和其他杂物，水平敷设的临时管道朝排水方向的倾斜度不得小于1/200。生物质锅炉清洗泵入口应加装小于5mm的滤网，且水箱水位应高于泵入口至少2m，目的是为了不出现气蚀。
生物质锅炉是以生物质成型颗粒为燃料，也可以燃煤或秸秆等混合燃料(酒糟、木屑、花生壳等)从而提供热能、或进行发电。
生物质锅炉包括燃生物质蒸汽锅炉、生物质热水锅炉形式，随着冬季供暖季节的到来，生物质蒸汽锅炉用于供暖的需求逐渐增加。然而我们在使用时，如果燃料水分过大、锅炉内的热值过低，就会严重影响正常的燃烧，造成炉膛爆燃、碳量过高，锅炉效率降低等一系列问题。目前，绝大多数的生物质锅炉都不能适应水分大于60%的入炉燃料。因此，如果使用含水量过高的燃料就会造成锅炉不能正常的燃烧的情况。其主要表现在以下两个方面：首先，生物质蒸汽锅炉燃烧冒正压、炉灰含碳量高。一旦生物质燃料发热量低于7000kj/kg左右，水分大于50%，锅炉内会先形成水蒸气来释放吸热，然后进行燃烧放热，并导致锅炉频繁的冒正压。由于锅炉内大量的水蒸气降低了炉膛温度，在加入的氧在水蒸气的环绕下，形成屏障，从而难以与火焰进行充分混合，以致燃烧缺氧。其次是生物质蒸汽锅炉尾部烟道飞灰的问题。当大量未燃烧的飞灰进入了尾部烟道，导致在预除尘器和灰库放灰时，灼热的飞灰遇到空气就会有明显的火星，很容易烧坏除尘器布袋，并加速引风机叶轮的磨损。
