微波杀菌利用其热效应和非热效应同时对食品中的微生物进行作用，使其自身或者其生存的环境发生巨大变化，导致其发育异常，使其死亡，以达到杀菌灭虫的目的。使用微波对食品照射后，食品的保鲜时间可以得到延长。
微波杀菌设备的优点：
1、微波对物质进行杀毒灭菌并不是单纯利用热效应。不仅作用温度低，而且作用时间很短，杀毒灭菌效率很高。
2、具有十分优秀的杀菌效果，通过选取适当的条件，杀菌率可以达到很高的水平。
3、与传统高温杀毒相比，这种杀毒灭菌的方式不需要很高的温度，使得所作用的物质不会因为温度过高而发生性质上的变化。
4、操作相对简化，劳动强度不高，劳动条件较好，可有效地节约人工成本，达到规模化生产，经济效益好。
5、成本低，不会在干燥产物中留下残留物，对工作人员的人身安全不会产生影响。
6、由于大多数包装材质并不吸收微波，因此，微波可以透过包装直接对其内部的食品或药品进行杀菌。
