在发酵罐的使用过程中，经过发酵后的产品称之为菌包，有时候存在发酵罐染菌而没有检测到接到菌包中的情况，这是大家生产中较头痛的问题。那么，当出现污染的时候，怎么判断污染的原因是发酵罐染菌呢?首先要明确的是：在进行判断的时候，一定不要主观的排除发酵罐染菌，一定不要认为发酵罐经过了严格的检测，否则就无法找到真正的污染原因。
首先，我们先来了解下污染呈现出的时间和情况。发酵罐染菌，接入菌包后表现的时间可以分为三种情况：
1、严重的一般在24-48小时即可表现出来
如果是细菌感染，表现为液体菌种不萌发，闻起来有酸臭的异味，镜检可以看到大量的细菌活体。如果是霉菌感染，在24小时前后也会萌发出白色的菌丝，镜检可以判断出是否是霉菌，48小时以后产生孢子变为绿色或者其他颜色。
2、而轻微的感染可能在5-7天才表现出来
这种情况一般是细菌或者酵母菌感染，通常在菌包(菌瓶)的中部出现灰暗的菌丝，同一批的菌包(菌瓶)表现程度可能有所不同。
3、更轻微的细菌感染在整个培养期间都没有表现
直到搔菌，甚至出菇期间才有所表现。搔菌时料面可能也是正常的，搔菌后，特别是冲洗后料面会有深色的不规则的斑块。后期会表现为出芽少，吐黄水、烂菇等情况。
通过污染表现的时间，我们再来看看污染数量和规律性，酵罐污染进而导致的菌包(菌瓶)污染，有三点作为重要的判断依据：
1、数量较多
现在发酵罐都比较大，一个发酵罐接种的数量少则几千，多则几万，如果发酵罐染菌没有检测出来，导致菌包(菌瓶)的污染一定不会是零星的污染，这样就可以排除接种、冷却、培养等环节导致的污染。
2、以一个发酵罐接种的菌包(菌瓶)数量为单位出现
规律性明显，这是较关键的一点，也就是要做好生产记录，当出现污染时能够确定是否是同一个发酵罐所接的菌包(菌瓶)。
3、间断性出现
在稍微正规一点的食用菌工厂中，发酵罐污染导致菌包(菌瓶)的整批污染不会连续性出现，间断性或者连续性出现后，恢复正常，甚至以后再也不会出现。这种情况比较常见，大多数的技术员在菇行天下确定是发酵罐染菌所导致的之后，都会强调一下发酵罐当时检测是没有问题的，这就是问题关键了。
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