杀菌是食品加工的一个重要操作单元。常用的巴氏杀菌并不能将食品中一些耐热的芽孢杆菌全部杀灭，微波杀菌设备是一种较为理想的杀菌途径，具有快速、高效、安全、保鲜等优点。
微波是指频率在300MHz-300GHz范围内的电磁波，波长1mm-1m。微波具有电磁波的很多特性，如放射、透射、干涉、衍射、偏振以及伴随着电磁波进行能量传输等波动特性。
因此，关注微波杀菌技术对于提高食品杀菌效果和提高杀菌后食品的质量有着重要的意义。
微波是由交变的电厂产生交变的磁场，当它穿透极性介质时，这些极性分子会随着交变电场方向的改变而改变，在快速转变过程中，分子之间相互摩擦产生热量，从而导致温度升高，使微生物内的蛋白质等分子结构改性或者失活，从而杀灭微生物。
例如：当食品处于微波场中，由于磁场作用，使原来食品中一端带正电、一端带负电的排列无序的极性分子变成有序排列，即带正电的一极朝电场的负极，而带负电的一极朝电场的正极，电场极性的改变导致偶极子朝向的改变。
极性改变的速度越快，偶极子转变得也越快，在快速转变的过程中，分子之间互相摩擦产生热量。
微波杀菌设备利用其选择透射作用，使食品内外均匀，迅速升温杀灭细菌。处理时间大大缩短。在强功率密度强度下，仅仅需要几秒或几十秒即能达到效果。
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