乳品包装环节为避免细菌对乳品造成污染，通常选用无菌包装，所谓无菌包装是指根据产品要求，在无菌状态下，把经过灭菌处理的物料，装进事先灭菌或经无菌处理的包装容器内，让其储存于不透风、不透气甚至不透光的特定环境中，在常温下无需冷藏也能保持较长的时期而品质不变。
无菌包装系统主要分为两大类系统，敞开式无菌包装系统和封闭式无菌包装系统。二者之间的区别是封闭式无菌包装系统比敞开式无菌包装系统多了无菌室。包装材料要在无菌室内杀菌、成形、灌装。由于无菌室一直通有无菌气体保持其正压，所以无菌室能有效防止微生物的污染，因此在生产中应用广泛。
无菌包装环境首先要确保的是设备无菌。
对敞开式无菌包装机而言，在无菌充填之前，包装机内与产品接触的表面必须经过杀菌。其杀菌是通过包装机自身产生的无菌热空气(或无菌热蒸汽)来实现的。在杀菌过程中，无菌热空气直接接触包装机与产品接触的表面进行杀菌。
封闭式无菌包装机的杀菌只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的杀菌。生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过包装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的；杀菌时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行杀菌，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的杀菌。
环境的杀菌一般采用洗涤、加热、药物和紫外线照射等措施，对与食品相接触的装置和整个容器表面进行杀菌处理，空间环境则多采用药物杀菌，整个包装系统无菌状态的维持则靠进入无菌空气并使整个系统保持一定的正压，以阻止外部空气中微生物侵入。设备停机时微生物会繁殖，可能导致大量微生物不能充分杀死。因此设备在清洗后应尽量抽干，以便没有水或溶液残留。
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