由于复合调味品的品种极多，产品内在的理化性状复杂，还有来自原材料微生物源状况的差异，有些原料比较干净，有的则菌数*，为了满足保质期限的要求，就必须在灭菌时考虑本企业的设备状况，采取不同的灭菌手段。
目前超高温瞬时灭菌机主要的灭菌手段有如下几种。
(1)一般加热灭菌(釜内加热)与热灌装
这是古老也是一般的加热灭菌方法，采用的设备一般是夹层锅、炒酱锅、冷热缸等设备。将温度升至95℃～100％，保温20min以上，然后冷却或不冷却灌装，后者是与热灌装手段联系起来的灭菌方式，将罐内升至100％并保温20min以上后，不冷却直接通过泵将料液送入储料罐，在保温85℃以上的情况下，通过灌装机直接进行灌装。
超高温瞬时灭菌机热灌装的目的有两个，一是杀灭容器内的微生物，二是排挤出容器内的空气，使容器内形成相对的真空状态。这种方法目前在业内运用得十分广泛，操作简单效率高，能满足大部分产品的灭菌需求。
用热灌装方法灌装的瓶装产品，有时会发生瓶口处液表面的离水现象，这种现象多出现有一定黏度的产品上。分析其原因主要是由于灌装后的料液温度很高，接下来马上打盖，存于瓶盖内侧与液体表面之间(瓶口处)的热气在冷却之后会形成冷凝水，由于产品本身有一定黏度，不能马上吸收这部分水，所以看上去好像是产品本身水分的渗出。解决方法之一，可考虑采取倒置一段时间(直至基本冷却)的方法，让产品吸收掉这部分冷凝水，同时还能对瓶盖进行灭菌。
(2)超高温瞬时灭菌
这是一种使用超高温瞬时灭菌装置的灭菌方法。该装置由泵、输入料管、双套盘管、瞬时高温加热器、清洗部分、出料管等组成，泵与输入料管连接、输入料管与双套盘管连接，双套盘管的管尾与瞬时高温加热器连接。瞬时高温加热器由多个直管组成，相互连接，热源一般为蒸汽。
该类装置的优点是封闭式加热灭菌，糖类、氨基酸等因美拉德反应而损失的极少，颜色变化通常比一般加热灭菌法小得多。此外，挥发性香气成分及酒精等基本不损失，是低盐液体复合调味料等比较理想的灭菌装置。由于液体在通过盘管时*地增加了液体表面积，加之采用超高温(120％～140％)，只需要数秒或数十秒的极短时间，即可将初始菌数很大液体迅速处理为两位数上下的干净产品。
黏度较大的酱状产品不能用一般的超高温瞬时灭菌装置进行处理，必须使用适合酱状产品灭菌的装置进行处理。适合酱状产品灭菌的装置，一般是以绞龙推进式管道为特征的输料管及高温加热器所组成的灭菌结构系统。
超高温瞬时灭菌机使用完之后，必须用开水或碱性开水对整个灭菌管道进行循环冲洗，循环的时间一定要持续20min以上。长时间不用的时候，应注意设备的防锈，特别是管道内不能留有残留物，定期用开水冲刷管道。可拆部分每次用毕都必须拆下来清洗，并将其泡入消毒液中直至下次再用时，总之一定要保持管道内的清洁和通畅。
